החניכים בפנימיית ביתנו לומדים ומתחנכים בכעשרה בתי-ספר שונים הממוקמים בבאר שבע ובסביבותיה. המסגרות נבחרות בהתאמה לפרופיל של כל חניך ובקשר הדוק עם הצוות החינוכי של בית הספר. בשעות אחר הצהריים לחניכים מגוון חוגים לבחירתם. מתקיימים שיתופי פעולה עם מסגרות שונות כגון:
מערך החוגים הקהילתי במתנסים, הכפר השיקומי 'עלה נגב' וקבוצת הכדורגל הפועל באר שבע.